Trước yêu cầu cấp bách của nhiệm vụ cách mạng, ngày 26-10-1975, Vùng 5 Hải quân được thành lập để triển khai các hoạt động sẵn sàng chiến đấu bảo vệ vùng biển, hải đảo của Tổ quốc. Trải qua 46 năm xây dựng, chiến đấu, chiến thắng và trưởng thành, Vùng 5 Hải quân đã lập nhiều chiến công và thành tích xuất sắc; lớp lớp cán bộ, chiến sĩ đã cùng nhau xây đắp nên truyền thống vẻ vang: “Chiến đấu anh dũng, giúp bạn tận tình, đoàn kết hiệp đồng, làm chủ vùng biển”.
Suốt 46 năm qua, Vùng 5 Hải quân đã trải qua 3 giai đoạn phát triển. Giai đoạn đầu là giai đoạn ra đời, xây dựng và phát triển lực lượng làm nhiệm vụ quản lý, bảo vệ biển, đảo Tây Nam; phối hợp với các lực lượng của Quân khu 9 trừng trị quân Khmer Đỏ gây tội ác, giữ vững chủ quyền vùng biển của ta. Giai đoạn tiếp theo, Vùng 5 Hải quân tham gia Chiến dịch Tây Nam năm 1978, phối hợp với các lực lượng bảo vệ vùng biển, đảo; phụ trách và làm nhiệm vụ quốc tế ở Campuchia (1979-1989). Từ năm 1990 đến nay là giai đoạn xây dựng Vùng 5 Hải quân vững mạnh toàn diện, sẵn sàng chiến đấu, bảo vệ vững chắc chủ quyền biển, đảo Tây Nam của Tổ quốc. Vùng 5 Hải quân đã hoàn thành xuất sắc vai trò là lực lượng nòng cốt trong quản lý, bảo vệ chủ quyền biển, đảo Tây Nam của Tổ quốc. Từ đầu năm đến nay, Vùng 5 Hải quân đã triển khai, duy trì nghiêm hoạt động tuần tra, tuần tiễu tại các khu vực vùng biển trọng điểm như: tổ chức thành công 63 chuyến tuần tra chung với Hải quân Hoàng gia Campuchia, 43 chuyến tuần tra chung với Hải quân Hoàng gia Thái Lan; đồng thời tổ chức tốt các hoạt động của hệ thống ra đa quan sát, trinh sát kỹ thuật, hệ thống giám sát tàu thuyền trên biển, hiệp đồng chặt chẽ với các lực lượng chức năng trên địa bàn, để thu thập, xử lý, trao đổi thông tin; phối hợp xác minh, kịp thời đánh giá, tham mưu đề xuất biện pháp quản lý bảo vệ chủ quyền biển, đảo hiệu quả, vững chắc, giữ vững môi trường hòa bình, ổn định.
Trong bối cảnh dịch COVID-19 diễn biến phức tạp, cán bộ, chiến sĩ Vùng 5 Hải quân đã quán triệt và thực hiện nghiêm các văn bản, quy định của trên về công tác phòng, chống dịch, bảo đảm cho toàn Vùng; làm tốt công tác tuyên truyền cho cán bộ, chiến sĩ và nhân dân trên địa bàn đóng quân, đảm bảo phòng, chống dịch hiệu quả, an toàn; chỉ đạo các cơ quan, đơn vị tổ chức diễn tập, luyện tập phòng chống dịch COVID-19. Vùng đã điều 6 tàu phối hợp với lực lượng biên phòng các tỉnh Kiên Giang, Cà Mau, Bạc Liêu thực hiện nhiệm vụ tuần tra, kiểm soát, ngăn chặn người nhập cảnh trái phép từ đường biển. Phối hợp với Viện Y học dự phòng Quân đội phía Nam tiêm phòng 1.836 liều vaccine phòng COVID-19 mũi 1 và 1.201 liều mũi 2 cho cán bộ, chiến sĩ trong toàn Vùng; phối hợp với địa phương tiêm vaccine, khám, xét nghiệm phòng COVID-19 cho người dân trên địa bàn bàn đóng quân…; tặng hóa chất, vật tư y tế phòng, chống dịch cho Căn cứ Biển thuộc Hải quân Hoàng gia Campuchia trị giá hơn 83 triệu đồng. Để tiến hành hiệu quả công tác phối hợp tuyên truyền biển, đảo, Vùng 5 Hải quân đã tổ chức tốt tuyên truyền thu hút nguồn nhân lực, tuyên truyền phổ biến pháp luật cho nhân dân, ngư dân trên vùng biển Tây Nam. Qua đó, góp phần nâng cao nhân thức, kiến thức pháp luật cho ngư dân, giảm thiểu tình trạng ngư dân vi phạm pháp luật nước láng giềng trong khai thác thủy sản; phối hợp hiệu quả với các lực lượng tiến hành làm tốt công tác tìm kiếm cứu hộ, cứu nạn, bảo đảm an toàn cho nhân dân phát triển kinh tế, ổn định đời sống. Bên cạnh đó nhiều năm qua, Vùng 5 Hải quân không ngừng tăng cường, củng cố mối quan hệ đoàn kết tốt đẹp, thắm tình quân dân với các địa phương, thông qua các hoạt động xây dựng nhà đồng đội; khám bệnh, cấp thuốc miễn phí cho người dân. Vùng 5 Hải quân còn tích cực phối hợp với cấp ủy, chính quyền, nhân dân trên địa bàn đóng quân trong thực hiện nhiệm vụ chính trị địa phương, nhất là các chương trình, các cuộc vận động do địa phương phát động, góp phần xây dựng đơn vị vững mạnh toàn diện, địa bàn đóng quân an toàn, không ngừng củng cố xây dựng vững chắc mối quan hệ đoàn kết quân dân trên vùng biển Tây Nam của Tổ quốc. Với truyền thống 46 năm xây dựng, chiến đấu, chiến thắng đầy tự hào, phát huy truyền thống 60 năm Ngày mở đường Hồ Chí Minh trên biển (23-10-1961 – 23-10-2021), cán bộ, chiến sĩ Vùng 5 Hải quân đoàn kết, đồng lòng, nỗ lực phấn đấu, chủ động, sáng tạo vượt qua mọi khó khăn, thử thách; sẵn sàng nhận nhiệm vụ, sẵn sàng chấp nhận hy sinh, quyết tâm bảo vệ vững chắc chủ quyền và giữ vững môi trường hòa bình, ổn định trên vùng biển, đảo Tây Nam của Tổ quốc.
Từ những cống hiến hy sinh vì sự nghiệp bảo vệ chủ quyền biển đảo và hoàn thành nhiệm vụ quốc tế cao cả, Vùng 5 Hải quân đã vinh dự đón nhận nhiều phần thưởng cao quý của Đảng, Nhà nước ta và Huân chương Angkor - Huân chương cao quý nhất của Campuchia, liên tục từ năm 2015 đến nay đạt đơn vị Vững mạnh toàn diện, Đảng bộ trong sạch vững mạnh.